Theo Tổng cục Môi trường, nguyên nhân khiến nước sông Nhuệ - Đáy ô nhiễm là do tiếp nhận nước thải sinh hoạt cũng như nước thải làng nghề của Thành phố Hà Nội.

Theo Tổng cục Môi trường - Bộ Tài nguyên và Môi trường, kết quả tính toán giá trị WQI (chỉ số chất lượng nước được tính theo thang điểm) trên 5 lưu vực sông khu vực phía Bắc đợt 4.2020 (tháng 5.2020) cho thấy chất lượng môi trường nước sông được cải thiện hơn so với cùng kỳ quan trắc năm 2019.


Trong số 185 điểm quan trắc trên 5 lưu vực sông, có đến 131/185 điểm (chiếm 71%) tổng số điểm quan trắc đạt mức tốt đến rất tốt, nước sông sử dụng được cho mục đích cấp nước sinh hoạt, nuôi trồng thủy sản và các mục đích tương đương khác. 


Có 15/185 điểm quan trắc bị ô nhiễm nặng (chiếm 8,1%), xác định tại các điểm nóng về ô nhiễm môi trường nước trên lưu vực sông Cầu (2 điểm), lưu vực sông Nhuệ - Đáy (13 điểm). Nguyên nhân, do tiếp nhận nước thải sinh hoạt của Thành phố Hà Nội, Thành phố Thái Nguyên, Thành phố sông Công và nước thải làng nghề (tỉnh Bắc Ninh).


Theo Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên và Môi trường), lưu vực sông Nhuệ - Đáy là một trong những lưu vực sông có chất lượng môi trường nước sông kém nhất trong số các lưu vực sông khu vực phía Bắc, có tới 62% số điểm quan trắc cho kết quả WQI <50 ở mức xấu đến rất xấu, trong đó 31% số điểm quan trắc cho giá trị WQI <25, nước bị ô nhiễm nặng, cần các biện pháp xử lý trong tương lai.