Qua nghiên cứu tổng quan về đất ngập nước Việt Nam, Phó Giáo sư Tiến sĩ Nguyễn Thị Thu Hà, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên-Đại học Quốc gia Hà Nội nhận xét, xu thế giảm diện tích các vùng đất ngập nước tự nhiên và hệ sinh thái của chúng đang trên đà gia tăng. Chẳng hạn như diện tích thảm cỏ biển đang suy giảm từ 40-50% bởi hàng loạt tác động do con người gây ra, như hoạt động hàng hải, đánh bắt thủy sản theo lối hủy diệt, du lịch, nuôi trồng thủy sản. Đồng thời thiên tai, hoạt động bất thường của các dòng chảy, sự vận chuyển trầm tích và phù sa vào mùa mưa lũ của các sông…là những mối đe dọa nghiêm trọng đến thảm cỏ biển. Riêng trong 5 năm qua, vùng biển Khánh Hòa mất tới 30% diện tích. Còn tại vùng biển Quảng Ninh, Hải Phòng, việc thực hiện các dự án phát triển ven bờ dẫn tới diện tích thảm cỏ biển ở đây đã biến mất hoàn toàn.

Kết quả khảo sát trên 200 điểm rạn san hô ven bờ do Viện Hải dương học tiến hành cũng cho thấy, chỉ còn khoảng 1% số rạn san hô có độ phủ cao, trong khi số rạn có độ phủ thấp chiếm tới 31%. Nguyên nhân do khai thác quá mức, khai thác hủy diệt, lắng đọng trầm tích, ô nhiễm, sự bùng nổ của sinh vật địch hại, tai biến thiên nhiên… Diện tích đất ngập nước tự nhiên bị thu hẹp cũng là do ra tăng đất trồng lúa, nuôi trồng thủy sản mặn và lợ, hồ chứa nước nhân tạo, moong khai thác khoáng sản.

Nguyên nhân chính yếu làm thay đổi chế độ thủy văn đất ngập nước là do hiện tượng “tháo khô vùng đất ngập nước” để xây dựng hệ thống tưới tiêu, các công trình thủy lợi, khai hoang, đào kênh mương và khai thác nước ngầm. Điều đó dẫn đến làm mất hoặc phá hủy nguồn lợi đất ngập nước, gây nên hiện tượng xâm nhập mặn lấn sau vào nội đồng, hủy hoại tính đa dạng sinh học vốn có ở các vùng đất ngập nước ngọt, mặn và nước lợ

Môi trường các vùng đất ngập nước đang đối mặt với sự suy thoái ngày càng nặng nề do chất thải công nghiệp, ô nhiễm dầu, ô nhiễm do sử dụng hóa chất trong nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản, ô nhiễm chất hữu cơ và khai thác quá mức tài nguyên đất ngập nước.

Theo Báo cáo Hiện trạng Môi trường Quốc gia của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các khu chế xuất và khu công nghiệp thuộc vùng kinh tế trọng điểm phía Nam mỗi ngày thải hơn 111.600m3 nước thải, trong đó có hơn 15 tấn chất rắn lơ lửng, 20 tấn BOD5, 1,6 tấn ni tơ và 500kg phốt pho xả vào hệ thống sông Đồng Nai-Sài Gòn. Vùng Đồng bằng sông Hồng là nơi có mức độ sử dụng hóa chất bảo vệ thực vật rất lớn. Hàm lượng các hóa chất bảo vệ thực vật ở vùng cửa sông Hồng vào mùa mưa đều vượt quá giới hạn cho phép khoảng 23-28 lần; hàm lượng lindan cao trong bùn đáy của lưu vực sông Đồng Nai-Sài Gòn tới 6-32ug/kg. Vì vậy, tình trạng cá nuôi ven biển, trên sông rạch và cá tự nhiên chết hàng loạt xảy ra thường xuyên trong những năm gần đây và hiện nay tại nhiều địa phương, thiệt hại ước tính hàng chục tỷ đồng mỗi năm.

Bên cạnh các nguyên nhân từ hoạt động kinh tế-xã hội với cường độ ngày càng gia tăng, gây nhiều hệ lụy về ô nhiễm môi trường, mất cân bằng sinh thái, sụt lún đất, suy giảm mực nước ngầm, xâm thực bờ biển; nhiều diện tích rừng tự nhiên, nhất là rừng ngập mặn, rừng tràm, rừng phòng hộ bị chặt phá chuyển đổi sang mục đích sử dụng khác hoặc bị suy thoái nặng nề, hiện tượng biến đổi khí hậu đang làm gia tăng các áp lực tới hệ sinh thái đất ngập nước hiện nay.

Theo phân tích của Giáo sư Tiến sĩ Khoa học Trương Quang Học, Viện Tài nguyên và Môi trường-Đại học Quốc gia Hà Nội, biến đổi khí hậu tác động tới hệ sinh thái đất ngập nước theo nhiều cách khác nhau. Nhiệt độ tăng sẽ tác động tới các loài động, thực vật nhạy cảm với nhiệt độ. Lượng mưa gaimr thu hẹp diện tích đất ngập nước, làm tăng phát thải khí nhà kính vào khí quyển do sự phân hủy của các chất hữu cơ, nhất là than bùn. Nước biển dâng dẫn tới sự thu hẹp diện tích phân bổ địa lý của các vùng đất ngập nước. Đặc biệt, các hệ sinh thái đất ngập nước phụ thuộc một cách chặt chẽ vào mức nước của thủy vực, nên sự thay đổi các điều kiện khí hậu sẽ ảnh hưởng tới lượng nước trong các hệ sinh thái, ảnh hưởng tới các chức năng đặc trưng của đất ngập nước, bao gồm cả thành phần và cấu trúc của các quần thể sinh vật và sinh kế của người dân địa phương.

Cùng với đó là xu hướng tăng cao hàm lượng các chất hữu cơ kèm theo các chất dinh dưỡng, hóa chất độc hại thường gây hiện tượng tảo nở hoa, tảo độc (hiện tượng thủy triều đỏ) đe dọa tài nguyên sinh vật vùng đất ngập nước. Hiện tượng này nhiều lần xuất hiện ven biển Bình Thuận, Khánh Hòa và khu vực biển miền Trung làm cá chết hàng loạt, mặt khác làm ảnh hưởng đến môi trường và du lịch biển. Chưa kể nạn sử dụng thuốc nổ, độc tố xyanua đánh bắt cá gây ô nhiễm môi trường đáy biển. phá hủy nghiêm trọng các rạn san hô ở Cô Tô, Bạch Long Vĩ, Côn Đảo…nhưng chưa được ngăn chặn kịp thời.

Một trong những bất lợi trong công tác bảo tồn và quản lý đất ngập nước nữa là hầu hết các vùng này rất khó khăn về vốn đầu tư, hàng năm nguồn vốn này được nhận chủ yếu từ ngân sách hạn chế của địa phương. Nên các vùng đất ngập nước hầu như không có kinh phí để tổ chức việc giám sát, thu thập số liệu, đánh giá diễn biến tài nguyên sinh vật và về đa dạng sinh học.