Khi vùng này có tới gần 95% lượng nước phụ thuộc vào nước ngoài và đang chịu tác động bất lợi do các hoạt động khai thác tài nguyên nước ở thượng nguồn, cũng như tồn tại bất cập trong quản lý tài nguyên nước liên ngành, liên vùng. 

Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) của Việt Nam nằm ở cuối nguồn sông Mê Kông, có tổng diện tích tự nhiên khoảng 3,96 triệu ha chiếm 5% diện tích lưu vực. Hàng năm, ĐBSCL tiếp nhận từ thượng nguồn sông Mê Kông khoảng 475 tỷ m3 nước và 160 triệu tấn phù sa.

Theo Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Kông Việt Nam, ĐBSCL có vị trí quan trọng trong phát triển kinh tế - xã hội và là địa bàn trọng điểm trong chiến lược an ninh lương thực quốc gia, khi đóng góp tới 50% sản lượng lương thực, gần 70% kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản, 90% sản lượng gạo xuất khẩu của cả nước. Tuy vậy, tài nguyên nước ở ĐBSCL hiện nay đang phải đối mặt với nhiều khó khăn và thách thức.

Cụ thể, tài nguyên nước của ĐBSCL có tới gần 95% phụ thuộc vào nguồn nước đến từ nước ngoài và chịu tác động bất lợi do các hoạt động khai thác tài nguyên nước ở thượng nguồn (phát triển thủy điện dòng chính và dòng nhánh, chuyển nước trong và ra ngoài lưu vực, nhu cầu sử dụng tăng mạnh, biến động về thảm phủ và điều kiện khí tượng thủy văn trong lưu vực).

Bên cạnh các khó khăn thách thức mang tính khách quan đã nêu trên, các vấn đề nội tại của ĐBSCL cũng đang là những thách thức không nhỏ. Đó là, chất lượng nguồn nước đang suy giảm do thiếu nguồn nước đẩy mặn, và nguồn nước thải từ sản xuất nông nghiệp, sinh hoạt, công nghiệp; nhu cầu sử dụng nước ngày càng cao; mâu thuẫn trong khai thác, sử dụng nước; đe dọa do biến đổi khí hậu và nước biển dâng và bất cập trong quản lý tài nguyên nước liên ngành, liên vùng.

Đáng chú ý, hiện khu vực này, đang tồn tại Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Cửu Long do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành lập và quản lý, tuy vậy, đây chỉ là tổ chức quản lý quy hoạch lưu vực sông, chứ không phải là tổ chức điều phối, giám sát. Vì vậy, với Quyết định số 619/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam sẽ tăng cường cơ chế điều phối, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ môi trường và phòng chống tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông Cửu Long, góp phần giải quyết các khó khăn, thách thức mà đồng bằng đang đối mặt, qua đó, góp phần vào quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan của lưu vực.

Ông Trương Hồng Tiến, Phó Chánh Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Kông Việt Nam cho biết, đối với các khó khăn, thách thức mang tính khách quan là đầu mối hợp tác với các quốc gia trong lưu vực Mê Công, các tổ chức phi Chính phủ, các tổ chức quốc tế để cụ thể hóa và tổ chức thực hiện Hiệp định Mê Công 1995, Ủy ban sẽ thúc đẩy Ủy hội thực hiện các cam kết của lãnh đạo cấp cao các nước về quản lý và phát triển bền vững nguồn nước sông Mê Kông thông qua: Tăng cường thực hiện Thủ tục sử dụng nước, đặc biệt là Thủ tục Thông báo, Tham vấn trước và Thỏa thuận đối với các đề xuất sử dụng nước trên dòng chính sông Mê Kông; tăng cường mạng lưới quan trắc trên toàn lưu vực, bao gồm cả mạng giám sát tác động của thủy điện dòng chính, hệ thống dự báo về lũ lụt và hạn hán và hệ thống quản lý thông tin và số liệu; thực hiện dự báo, theo dõi, giám sát diễn biến tài nguyên nước, các hoạt động sử dụng, bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Kông nhằm đảm bảo sử dụng công bằng và hợp lý nguồn nước sông Mê Kông, bảo vệ quyền lợi của Việt Nam thông qua quy hoạch tổng thể, các dự án hợp tác và nghiên cứu khoa học cho lưu vực Mê Kông, đặc biệt là các dự án trên dòng chính.

Ngoài ra, Ủy ban cũng tiến hành nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về các giải pháp giải quyết tranh chấp giữa Việt Nam và các quốc gia trong lưu vực trong quản lý và phát triển bền vững tài nguyên nước sông Mê Kông, các giải pháp ứng phó với các diễn biến bất thường, các tác động tiềm tàng tới Việt Nam do các hoạt động phát triển thượng nguồn và biến đổi khí hậu; theo dõi, giám sát quá trình vận hành các công trình điều tiết, sử dụng nước quy mô lớn, bao gồm cả các công trình thủy điện dòng chính sông Mê Kông…

Đối với các vấn đề nội tại của ĐBSCL, là tổ chức phối hợp liên ngành, Ủy ban sẽ phối hợp với các Bộ, ngành, địa phương và các bên liên quan theo dõi, kiểm tra, giám sát việc triển khai thực hiện các chương trình, đề án, dự án; điều hòa phân phối nguồn nước trong trường hợp hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn, lũ lụt; ứng phó, khắc phục tác hại và sự cố ô nhiễm nguồn nước do các hoạt động khai thác, sử dụng nước và xả thải vào nguồn nước gây ra; các dự án gia cố cải tạo lòng, bờ sông… Phối hợp với các Bộ, ngành và UBND các tỉnh, thành phố có liên quan trình Thủ tướng Chính phủ các chương trình, đề án, dự án về quản lý, khai thác và phát triển bền vững tài nguyên nước sông Mê Kông; hỗ trợ thẩm định các quy hoạch tài nguyên nước; quy hoạch chuyên ngành có khai thác và sử dụng tài nguyên nước; các chương trình, đề án, dự án liên quan đến quản lý, khai thác và phát triển tài nguyên nước trên lưu vực sông Mê Kông; xây dựng bộ cơ sở dữ liệu về tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Kông, bao gồm cả ĐBSCL, nhằm quản lý tài nguyên nước hiệu quả; nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về các giải pháp giải quyết tranh chấp giữa các Bộ, ngành và địa phương trong lưu vực trong quản lý và phát triển bền vững tài nguyên nước sông Mê Kông…