Tổng cục Môi trường (Bộ TN&MT đánh giá), năm 2019, chất lượng môi trường nước trên các lưu vực sông miền Bắc được cải thiện hơn so với năm 2018, đặc biệt thời điểm cuối năm. Các điểm nóng về ô nhiễm môi trường (lưu vực sông Nhuệ: các sông nội thành Hà Nội; lưu vực sông Cầu: các điểm quan trắc trên sông Ngũ Huyện Khê; các điểm quan trắc trên suối Loàng) đã tạm thời thoát ô nhiễm, nước sông đã đạt ở mức trung bình, có thể sử dụng được cho hoạt động giao thông thủy và các mục đích tương đương khác.

Bên cạnh các điểm nóng ô nhiễm môi trường kéo dài nhiều năm, giai đoạn 2017 - 2019, khu vực phía Bắc cũng xuất hiện các điểm nóng mới về ô nhiễm môi trường nước. Đặc biệt, thời điểm cuối năm 2017, đầu năm 2018, tình trạng ô nhiễm bất thường trên sông Châu Giang (khu vực chợ Lương, xã Yên Bắc, Duy Tiên, Hà Nam) đã nhận được rất nhiều sự quan tâm của cộng đồng. Bên cạnh đó, hệ thống sông Bắc Hưng Hải (thuộc địa bàn Hà Nội, Bắc Ninh, Hưng Yên và Hải Dương) cũng bị ô nhiễm khá nghiêm trọng về chất hữu cơ, chất dinh dưỡng, vi sinh.

Nguyên nhân do tiếp nhận một lượng lớn nước thải sinh hoạt, công nghiệp, làng nghề…, ngoài ra, còn phải tiếp nhận nguồn nước bị ô nhiễm từ các sông trong khu vực chảy vào (sông Cầu Bây thuộc TP. Hà Nội; các nhánh sông Bần Vũ Xá, sông Đình Dù và kênh Trần Thành Ngọ của tỉnh Hưng Yên; sông Sặt và sông Cửu An của tỉnh Hải Dương;....). Mức độ ô nhiễm gia tăng vào mùa khô (từ tháng 10 - 12 hàng năm) do hệ thống sông đóng để trữ nước phục vụ cho công tác thủy nông gây nước bị ứ đọng, không có dòng chảy.

Tại miền Trung, ở lưu vực sông Hương, lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn, Trà Khúc, sông Kôn - Hà Thanh, chất lượng môi trường nước sông tốt hơn so với các sông miền Bắc và miền Nam. Nước trên các sông đều có thể sử dụng được cho mục đích tưới tiêu, nuôi trồng thủy sản và cấp nước sinh hoạt. Kết quả quan trắc giai đoạn 2015 - 2019 cho thấy, khu vực miền Trung ghi nhận chưa xuất hiện điểm nóng ô nhiễm môi trường nước sông.

 Tuy vậy, dù chưa xuất hiện điểm nóng ô nhiễm môi trường nước kéo dài, song tại các điểm chịu tác động hoạt động nuôi trồng thủy sản và đoạn sông chảy qua khu vực tập trung dân cư đông (hạ lưu sông Vu Gia đoạn chảy qua thành phố Đà Nẵng (Cầu Đỏ đến Cầu Thuận Phước) và hạ lưu sông Thu Bồn (Bình Sa, Chợ bến cá Cẩm Hòa, Cửa Đại), giá trị của các thông số hữu cơ COD, BOD5 và hợp chất chứa Nitơ có xu hướng tăng.

Tại miền Nam, dấu hiệu đáng mừng là chất lượng nước tại các lưu vực sông khu vực phía Nam năm 2019 được cải thiện hơn so với năm 2018. Ô nhiễm tập trung chủ yếu ở khu vực hạ lưu các sông chính, sông nhánh và các kênh nội thành (TP.HCM), khu vực tiếp nhận nước thải từ các khu đô thị, khu công nghiệp và các cơ sở sản xuất kinh doanh. 

Tại các điểm nóng ô nhiễm suối Bưng Cù (Bình Dương), kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè (TP.HCM), cầu Ông Buông trên sông Sài Gòn do đầu tư, triển khai các dự án cải tạo môi trường nước sông, môi trường nước sông được cải thiện, tuy vậy, trong những năm gần đây, có xu hướng tái ô nhiễm. Ô nhiễm chất hữu cơ và vi sinh vẫn đang hiện hữu. Các thông số ô nhiễm DO, COD, BOD5, nhóm dinh dưỡng (N-NH4+, N-NO2-) có giá trị vượt giới hạn cho phép theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT.

Điểm đặc trưng các sông khu vực phía Nam đều có giá trị tổng chất rắn lơ lửng (TSS) và sắt (Fe) qua các năm cao, đặc biệt trong mùa mưa do tác động của lượng phù sa lớn trong nước (sông Đồng Nai - Sài Gòn), nước Tây Nam Bộ. Trong khi đó, tình trạng xâm nhập mặn tại các cửa sông vẫn tiếp tục diễn ra tại các khu vực cửa sông của lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn, khu vực sông Vàm Cỏ, lưu vực sông Mê Kông và có xu hướng gia tăng so với những năm trước. Riêng khu vực sông Vàm Cỏ có đặc trưng nền đất phèn, phèn bị rửa trôi vào nước mặt làm cho nồng độ Fe trong nước mặt luôn cao.