Việt Nam hiện đang phải đối mặt với gánh nặng phát triển kép do các vấn đề về chất lượng nước nội tại. Các chất gây ô nhiễm phát sinh bởi công nghiệp hóa nhanh đã làm nảy sinh dịch bệnh và rủi ro mới cho năng suất và tăng trưởng, ngay cả trước khi quốc gia giải quyết được những vấn đề vì kém phát triển như tiêu chảy và suy dinh dưỡng do vệ sinh kém. Trong quá khứ, nguồn nước bị suy thoái được cho là tác nhân hàng đầu đến sức khỏe con người, do gây ra bệnh tiêu chảy và các bệnh truyền nhiễm khác. Các nghiên cứu gần đây cho thấy một loạt các chất gây ô nhiễm mới, bằng nhiều con đường tác động đến các kết quả kinh tế, từ năng suất lao động đến nguồn cung lao động.

Chất lượng nước ở Việt Nam suy thoái một cách đáng lo ngại, với dấu hiệu của độc tính phát sinh từ các thành phố, khu công nghiệp và nông nghiệp. Dòng chảy qua các thành phố lớn bị ô nhiễm nặng. Nước dưới đất ở nhiều vùng đã bị ô nhiễm, khai thác quá mức đã dẫn đến gia tăng độ mặn và nồng độ các chất ô nhiễm. Trên sông Mê Công và sông Hồng, vấn đề này còn xảy ra cùng với xâm nhập mặn.

Nước thải đô thị là góp phần lớn nhất đối với ô nhiễm nguồn nước, với chỉ 12,5% nước thải đô thị được xử lý trước khi xả vào môi trường. Đây là hậu quả của lịch sử lâu dài để lại do không quan tâm xử lý nước tiêu thoát và nước thải của các đô thị. Do sự phổ biến của các hệ thống cống kết hợp (thu gom chung cho cả nước thải và nước mưa), nước thải sinh hoạt chiếm 30% lượng nước thải ra các hồ, kênh và sông. Thành phố như Hà Nội và Hồ Chí Minh xả vào môi trường khoảng 700.000 - 900.000m3/ngày. Tình trạng này là hệ quả của tỉ lệ kết nối với mạng lưới thoát nước thấp; thiếu đầu tư trên diện rộng vào thu gom và xử lý nước thải; thiếu quan tâm đến tái sử dụng nước thải; mức phí nước thải thấp không đủ bù chi phí; và hệ thống quản lý kém hiệu quả.

Chất thải rắn phát sinh từ các đô thị là mối đe dọa đến nguồn nước mặt. Chôn lấp chất thải rắn bất hợp pháp, khu vực chôn lấp thiếu vệ sinh nằm gần nguồn nước, và thiếu thu gom chất thải rắn đã dẫn đến tình trạng rác thải gây ô nhiễm nguồn nước. Trong khi Việt Nam có 660 bãi rác đang hoạt động thì chỉ có 203 bãi chôn lấp là hợp vệ sinh. Các bãi rác còn lại không thu gom và xử lý nước rỉ rác (chất lỏng thoát ra từ bãi chôn lấp) gây ô nhiễm cho đất và nước. Con số tin cậy về tỉ lệ thu gom chất thải rắn đô thị rất khó để theo dõi, nhưng con số này được ước tính là 86% ở khu vực thành thị vào năm 2018 nhưng dưới 20% ở khu vực nông thôn và đô thị nghèo vào năm 2004. Khoảng 70% chất thải rắn được thu gom và chôn lấp. Báo cáo gần đây chỉ ra rằng khối lượng chất thải từ Việt Nam cao hơn một cách không cân xứng so với quy mô của đất nước: 60% chất thải nhựa thải ra biển trên thế giới bắt nguồn chỉ từ năm quốc gia. Tình trạng này đã làm rõ tính nghiêm trọng của tình trạng chất thải rắn ở Việt Nam.

Ngoài ra, ô nhiễm nước từ nông nghiệp cũng đang ngày càng gia tăng. Hằng năm Việt Nam tiêu thụ khoảng 11 triệu tấn phân bón, trong đó phân bón vô cơ là 90% và hữu cơ là 10%. Lượng sử dụng trung bình khoảng 195-200 kg NPK/ha, dao động nhiều giữa loại cây trồng, giống, vị trí, loại đất và hình thức bón. Canh tác lúa chiếm 65% tổng lượng phân bón tiêu thụ ở Việt Nam. Hầu hết nông dân trồng lúa sử dụng phân bón cao hơn mức khuyến cáo. Chỉ khoảng 45-50% lượng phân bón được sử dụng hiệu quả, số còn lại bị rửa trôi.

Theo các chuyên gia, mặc dù chương trình cải cách toàn diện về xử lý nước thải đã được thông qua năm 2007 (Nghị định 88/2007), ô nhiễm vẫn có xu hướng gia tăng. Các vấn đề chính đang được đặt ra hiện nay là: Ô nhiễm từ nước thải sinh hoạt, nước thải công nghiệp và các làng nghề; Ô nhiễm do hóa chất trừ sâu và phân bón trong nông nghiệp; Hệ thống quy định pháp lý kém thực thi; Tỉ lệ kết nối thấp với mạng lưới thoát nước; Đầu tư thấp ở mọi khâu trong thu gom, xử lý nước thải và bùn thải; Bỏ qua khả năng tái sử dụng nước thải; Mức phí thấp dẫn đến thu không đủ để bù chi.

Một lĩnh vực quan trọng cần nghiên cứu là xác định tại sao các cấu trúc pháp lý và khuyến khích lại chưa hiệu quả. Theo Ngân hàng Thế giới (WB), cần phải có khuyến khích tốt hơn cho đầu tư vào dịch vụ nước thải. Đây là dịch vụ hàng hóa công cộng. Phần lớn được cung cấp và chi trả bởi các cơ quan chức năng của thành phố, bởi công ty cấp nước hay bởi công ty xử lý nước thải riêng biệt hoặc một cơ quan của thành phố.

Báo cáo của Nhóm Tài nguyên nước 2030 (2030WRG, 2017) đã xác định xử lý và tái sử dụng nước thải là một lĩnh vực ưu tiên đầu tư và lĩnh vực này có thể hấp dẫn nếu như lợi ích, tái sử dụng nước thải đã qua xử lý - có thể tạo ra nguồn thu. Báo cáo cho rằng, việc tái sử dụng nước thải đô thị có khả năng làm giảm áp lực về tài nguyên nước của TP. HCM về mức “căng thẳng thấp” vào năm 2030. Đây là việc có giá trị, nhưng vấn đề đặt ra làm thế nào để hiện thực hóa và cần sửa đổi quy định như thế nào. Tương tự, xử lý nước thải từ các cụm công nghiệp dọc sông Nhuệ- Đáy gần Hà Nội có thể cải thiện đáng kể chất lượng nước mặt, nhưng một lần nữa các lợi ích cần phải được chi trả.

Báo cáo của Nhóm Tài nguyên nước 2030 cũng cho rằng, tái sử dụng trong công nghiệp có thể biến việc xử lý nước thải thành cơ hội kinh doanh thương mại và đề xuất ba cách thức: tận dụng đầu tư cho nước thải từ các tổ chức công và tư nhân theo thỏa thuận đối tác công tư PPP; làm việc với các công ty phát triển hạ tầng về thương mại hóa các nhà máy xử lý và hệ thống tái sử dụng nước thải công nghiệp; và yêu cầu (trong một số trường hợp) ngành công nghiệp phải sử dụng nước thải đã qua xử lý cho các quy trình sản xuất. Một giải pháp đôi bên cùng có lợi, đặc biệt là tại các điểm nóng căng thẳng về nguồn nước, có thể là đầu tư vào xử lý và tái sử dụng nước thải.

Ngoài ra, để ứng phó với ô nhiễm nông nghiệp, khung pháp lý phải được thực thi, và giáo dục, các ưu đãi sửa đổi phải được áp dụng. Chính phủ nhận thức rõ các vấn đề ô nhiễm nông nghiệp và thông qua Đề án Tái cơ cấu nông nghiệp của Bộ NNPTNT năm 2014, đã nêu sự cần thiết giảm thiểu tác động của nông nghiệp đến môi trường. Một báo cáo gần đây của Ngân hàng Thế giới về ô nhiễm nông nghiệp khuyến cáo rằng nông dân cần được cung cấp các lựa chọn kỹ thuật tốt hơn và cơ cấu khuyến khích - tích cực và tiêu cực – cần phải được sửa đổi để khuyến khích hành vi không xả thải. Các chương trình của Chính phủ thúc đẩy thực hành tốt, nhưng cần có giám sát và cưỡng chế, hỗ trợ bởi sự hợp tác liên cơ quan. Những thực hành nông nghiệp tốt đã được phát triển cần phải được nhân rộng. Với các chương trình phù hợp kết hợp với phổ biến, tuyên truyền, điều chỉnh việc sử dụng phân bón và thuốc trừ sâu có thể tạo ra kết quả có lợi cho các bên- hiệu quả cao hơn, giảm thiểu ô nhiễm và thu nhập cao hơn.